mirror of
https://github.com/adambard/learnxinyminutes-docs.git
synced 2024-12-27 19:28:51 +00:00
748 lines
23 KiB
Markdown
748 lines
23 KiB
Markdown
---
|
|
language: R
|
|
contributors:
|
|
- ["e99n09", "http://github.com/e99n09"]
|
|
- ["isomorphismes", "http://twitter.com/isomorphisms"]
|
|
translators:
|
|
- ["Anne-Catherine Dehier", "https://github.com/spellart"]
|
|
filename: learnr-fr.r
|
|
lang: fr-fr
|
|
---
|
|
|
|
R est un langage de programmation statistique. Il dispose de nombreuses
|
|
bibliothèques pour le téléchargement et le nettoyage d'ensembles de données,
|
|
l'exécution de procédures statistiques, et la réalisation de graphiques.
|
|
On peut également exécuter des commmandes `R` au sein d'un document LaTeX.
|
|
|
|
|
|
```r
|
|
|
|
# Les commentaires commencent avec des symboles numériques.
|
|
|
|
# Il n'est pas possible de faire des commentaires multilignes,
|
|
# mais on peut placer plusieurs commentaires les uns en dessous
|
|
# des autres comme ceci.
|
|
|
|
# Sur Mac, taper COMMAND-ENTER pour exécuter une ligne
|
|
# et sur Windows taper CTRL-ENTER
|
|
|
|
|
|
|
|
########################################################################
|
|
# Les choses que vous pouvez faire sans rien comprendre
|
|
# à la programmation
|
|
########################################################################
|
|
|
|
# Dans cette section, nous vous montrons quelques trucs cools que vous
|
|
# pouvez faire avec R sans rien comprendre à la programmation.
|
|
# Ne vous inquiétez pas si vous ne comprenez pas tout ce que le code fait.
|
|
# Profitez simplement !
|
|
|
|
data() # parcours les ensembles de données préchargées
|
|
data(rivers) # récupère ceci : "Lengths of Major North American Rivers"
|
|
ls() # notez que "rivers" apparaît maintenant dans votre espace de travail
|
|
head(rivers) # donne un aperçu des données
|
|
# 735 320 325 392 524 450
|
|
|
|
length(rivers) # Combien de rivers ont été mesurées ?
|
|
# 141
|
|
summary(rivers) # Quelles sont les principales données statistiques ?
|
|
# Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
|
|
# 135.0 310.0 425.0 591.2 680.0 3710.0
|
|
|
|
# Fait un diagramme à tiges et à feuilles (visualisation de données de
|
|
# types histogramme)
|
|
stem(rivers)
|
|
|
|
|
|
# Le point décimal est de 2 chiffres à droite du |
|
|
#
|
|
# 0 | 4
|
|
# 2 | 011223334555566667778888899900001111223333344455555666688888999
|
|
# 4 | 111222333445566779001233344567
|
|
# 6 | 000112233578012234468
|
|
# 8 | 045790018
|
|
# 10 | 04507
|
|
# 12 | 1471
|
|
# 14 | 56
|
|
# 16 | 7
|
|
# 18 | 9
|
|
# 20 |
|
|
# 22 | 25
|
|
# 24 | 3
|
|
# 26 |
|
|
# 28 |
|
|
# 30 |
|
|
# 32 |
|
|
# 34 |
|
|
# 36 | 1
|
|
|
|
stem(log(rivers)) # Notez que les données ne sont ni normales
|
|
# ni lognormales !
|
|
# Prenez-ça, la courbe en cloche
|
|
|
|
# Le point décimal est à 1 chiffre à gauche du |
|
|
#
|
|
# 48 | 1
|
|
# 50 |
|
|
# 52 | 15578
|
|
# 54 | 44571222466689
|
|
# 56 | 023334677000124455789
|
|
# 58 | 00122366666999933445777
|
|
# 60 | 122445567800133459
|
|
# 62 | 112666799035
|
|
# 64 | 00011334581257889
|
|
# 66 | 003683579
|
|
# 68 | 0019156
|
|
# 70 | 079357
|
|
# 72 | 89
|
|
# 74 | 84
|
|
# 76 | 56
|
|
# 78 | 4
|
|
# 80 |
|
|
# 82 | 2
|
|
|
|
# Fait un histogramme :
|
|
hist(rivers, col="#333333", border="white", breaks=25) # amusez-vous avec ces paramètres
|
|
hist(log(rivers), col="#333333", border="white", breaks=25) # vous ferez plus de tracés plus tard
|
|
|
|
# Ici d'autres données qui viennent préchargées. R en a des tonnes.
|
|
data(discoveries)
|
|
plot(discoveries, col="#333333", lwd=3, xlab="Year",
|
|
main="Number of important discoveries per year")
|
|
plot(discoveries, col="#333333", lwd=3, type = "h", xlab="Year",
|
|
main="Number of important discoveries per year")
|
|
|
|
# Plutôt que de laisser l'ordre par défaut (par année)
|
|
# Nous pourrions aussi trier pour voir ce qu'il y a de typique
|
|
sort(discoveries)
|
|
# [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2
|
|
# [26] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3
|
|
# [51] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4
|
|
# [76] 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 8 9 10 12
|
|
|
|
stem(discoveries, scale=2)
|
|
#
|
|
# Le point décimale est à la |
|
|
#
|
|
# 0 | 000000000
|
|
# 1 | 000000000000
|
|
# 2 | 00000000000000000000000000
|
|
# 3 | 00000000000000000000
|
|
# 4 | 000000000000
|
|
# 5 | 0000000
|
|
# 6 | 000000
|
|
# 7 | 0000
|
|
# 8 | 0
|
|
# 9 | 0
|
|
# 10 | 0
|
|
# 11 |
|
|
# 12 | 0
|
|
|
|
max(discoveries)
|
|
# 12
|
|
summary(discoveries)
|
|
# Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
|
|
# 0.0 2.0 3.0 3.1 4.0 12.0
|
|
|
|
# Lance un dé plusieurs fois
|
|
round(runif(7, min=.5, max=6.5))
|
|
# 1 4 6 1 4 6 4
|
|
# Vos numéros diffèreront des miens à moins que nous mettions
|
|
# le même random.seed(31337)
|
|
|
|
# Dessine à partir d'une normale Gaussienne 9 fois
|
|
rnorm(9)
|
|
# [1] 0.07528471 1.03499859 1.34809556 -0.82356087 0.61638975 -1.88757271
|
|
# [7] -0.59975593 0.57629164 1.08455362
|
|
|
|
|
|
|
|
##############################################################
|
|
# les types de données et l'arithmétique de base
|
|
##############################################################
|
|
|
|
# Maintenant pour la partie orientée programmation du tutoriel.
|
|
# Dans cette section vous rencontrerez les types de données importants de R :
|
|
# les entiers, les numériques, les caractères, les logiques, et les facteurs.
|
|
|
|
# LES ENTIERS
|
|
# Les entiers de type long sont écrits avec L
|
|
5L # 5
|
|
class(5L) # "integer"
|
|
# (Essayez ?class pour plus d'informations sur la fonction class().)
|
|
# Avec R, chaque valeur seule, comme 5L, est considérée comme
|
|
# un vecteur de longueur 1
|
|
length(5L) # 1
|
|
# On peut avoir un vecteur d'entiers avec une longueur > 1 :
|
|
c(4L, 5L, 8L, 3L) # 4 5 8 3
|
|
length(c(4L, 5L, 8L, 3L)) # 4
|
|
class(c(4L, 5L, 8L, 3L)) # "integer"
|
|
|
|
# LES NUMÉRIQUES
|
|
# Un "numeric" est un nombre à virgule flottante d'une précision double
|
|
5 # 5
|
|
class(5) # "numeric"
|
|
# Encore une fois, tout dans R est un vecteur ;
|
|
# Vous pouvez faire un vecteur numérique avec plus d'un élément
|
|
c(3,3,3,2,2,1) # 3 3 3 2 2 1
|
|
# Vous pouvez aussi utiliser la notation scientifique
|
|
5e4 # 50000
|
|
6.02e23 # nombre d'Avogadro
|
|
1.6e-35 # longueur de Planck
|
|
# Vous pouvez également avoir des nombres infiniments grands ou petits
|
|
class(Inf) # "numeric"
|
|
class(-Inf) # "numeric"
|
|
# Vous pouvez utiliser "Inf", par exemple, dans integrate(dnorm, 3, Inf);
|
|
# Ça permet d'éviter de réaliser une table de la loi normale.
|
|
|
|
# ARITHMÉTIQUES DE BASE
|
|
# Vous pouvez faire de l'arithmétique avec des nombres
|
|
# Faire des opérations arithmétiques en mixant des entiers
|
|
# et des numériques
|
|
# donne un autre numérique
|
|
10L + 66L # 76 # un entier plus un entier donne un entier
|
|
53.2 - 4 # 49.2 # un numérique moins un numérique donne un numérique
|
|
2.0 * 2L # 4 # un numérique multiplié par un entier donne un numérique
|
|
3L / 4 # 0.75 # un entier sur un numérique donne un numérique
|
|
3 %% 2 # 1 # le reste de deux numériques est un autre numérique
|
|
# Les opérations arithmétiques illégales donnent un "Not A Number" :
|
|
0 / 0 # NaN
|
|
class(NaN) # "numeric"
|
|
# Vous pouvez faire des opérations arithmétiques avec deux vecteurs d'une
|
|
# longueur plus grande que 1, à condition que la longueur du plus grand
|
|
# vecteur soit un multiple entier du plus petit
|
|
c(1,2,3) + c(1,2,3) # 2 4 6
|
|
|
|
# LES CARACTÈRES
|
|
# Il n'y a pas de différences entre les chaînes de caractères et
|
|
# les caractères en R
|
|
"Horatio" # "Horatio"
|
|
class("Horatio") # "character"
|
|
class('H') # "character"
|
|
# Ceux-ci sont tous les deux des vecteurs de longueur 1
|
|
# Ici un plus long :
|
|
c('alef', 'bet', 'gimmel', 'dalet', 'he')
|
|
# =>
|
|
# "alef" "bet" "gimmel" "dalet" "he"
|
|
length(c("Call","me","Ishmael")) # 3
|
|
# Vous pouvez utiliser des expressions rationnelles sur les vecteurs de caractères :
|
|
substr("Fortuna multis dat nimis, nulli satis.", 9, 15) # "multis "
|
|
gsub('u', 'ø', "Fortuna multis dat nimis, nulli satis.") # "Fortøna møltis dat nimis, nølli satis."
|
|
# R possède plusieurs vecteurs de caractères préconstruits :
|
|
letters
|
|
# =>
|
|
# [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s"
|
|
# [20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
|
|
month.abb # "Jan" "Feb" "Mar" "Apr" "May" "Jun" "Jul" "Aug" "Sep" "Oct" "Nov" "Dec"
|
|
|
|
# LES TYPES BOOLÉENS
|
|
# En R, un "logical" est un booléen
|
|
class(TRUE) # "logical"
|
|
class(FALSE) # "logical"
|
|
# Leur comportement est normal
|
|
TRUE == TRUE # TRUE
|
|
TRUE == FALSE # FALSE
|
|
FALSE != FALSE # FALSE
|
|
FALSE != TRUE # TRUE
|
|
# Les données manquantes (NA) sont logiques également
|
|
class(NA) # "logical"
|
|
# On utilise | et & pour les operations logiques.
|
|
# OR
|
|
TRUE | FALSE # TRUE
|
|
# AND
|
|
TRUE & FALSE # FALSE
|
|
# Vous pouvez tester si x est TRUE
|
|
isTRUE(TRUE) # TRUE
|
|
# Ici nous avons un vecteur de type logique avec plusieurs éléments :
|
|
c('Z', 'o', 'r', 'r', 'o') == "Zorro" # FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
|
|
c('Z', 'o', 'r', 'r', 'o') == "Z" # TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
|
|
|
|
# LES FACTEURS
|
|
# Les facteurs sont généralement utilisés pour y stocker des
|
|
# variables qualitatives (catégorielles).
|
|
# Les facteurs peuvent être ordonnés (comme le niveau scolaire
|
|
# des enfants) ou non ordonnés (comme le sexe)
|
|
factor(c("female", "female", "male", NA, "female"))
|
|
# female female male <NA> female
|
|
# Les niveaux : female male
|
|
# Les facteurs possèdent un attribut appelé niveau ("level").
|
|
# Les niveaux sont des vecteurs contenant toutes les valeurs
|
|
# que peuvent prendre les données catégorielles.
|
|
# Notez que les données manquantes n'entrent pas dans le niveau
|
|
levels(factor(c("male", "male", "female", NA, "female"))) # "female" "male"
|
|
# Si le vecteur de facteurs a une longueur 1, ses niveaux seront
|
|
# de longueur 1 également
|
|
length(factor("male")) # 1
|
|
length(levels(factor("male"))) # 1
|
|
# On rencontre communément des facteurs dans des "data frame",
|
|
# un type de données que nous couvrirons plus tard
|
|
data(infert) # "Infertility after Spontaneous and Induced Abortion"
|
|
levels(infert$education) # "0-5yrs" "6-11yrs" "12+ yrs"
|
|
|
|
# NULL
|
|
# "NULL" est bizarre ; on l'utilise pour effacer un vecteur
|
|
class(NULL) # NULL
|
|
parakeet = c("beak", "feathers", "wings", "eyes")
|
|
parakeet
|
|
# =>
|
|
# [1] "beak" "feathers" "wings" "eyes"
|
|
parakeet <- NULL
|
|
parakeet
|
|
# =>
|
|
# NULL
|
|
|
|
# LES CONVERSIONS DE TYPES
|
|
# Les conversions de types servent à forcer une valeur à prendre
|
|
# un type différent
|
|
as.character(c(6, 8)) # "6" "8"
|
|
as.logical(c(1,0,1,1)) # TRUE FALSE TRUE TRUE
|
|
# Si vous mettez des éléments de différents types dans un vecteur,
|
|
# des coercitions bizarres se produisent :
|
|
c(TRUE, 4) # 1 4
|
|
c("dog", TRUE, 4) # "dog" "TRUE" "4"
|
|
as.numeric("Bilbo")
|
|
# =>
|
|
# [1] NA
|
|
# Message d'avertissement :
|
|
# NAs est introduit par coercition
|
|
|
|
# Notez également : ce n'étaient que des types de données basiques
|
|
# Il y a beaucoup d'autres types de données, comme les dates,
|
|
# les séries temporelles, etc ...
|
|
|
|
|
|
|
|
#######################################
|
|
# Variables, boucles , if/else
|
|
#######################################
|
|
|
|
# Une variable est comme une boîte dans laquelle on garde une valeur
|
|
# pour l'utiliser plus tard.
|
|
# Nous appellons ça "assigner" une valeur à une variable.
|
|
# Avoir des variables nous permet d'écrire des boucles, des fonctions, et
|
|
# des instructions conditionnelles (if/else)
|
|
|
|
# LES VARIABLES
|
|
# Beaucoup de façons d'assigner des choses :
|
|
x = 5 # c'est correct
|
|
y <- "1" # c'est préféré
|
|
TRUE -> z # ça marche mais c'est bizarre
|
|
|
|
# LES BOUCLES
|
|
# Il y a les boucles for :
|
|
for (i in 1:4) {
|
|
print(i)
|
|
}
|
|
# Il y a les boucles while :
|
|
a <- 10
|
|
while (a > 4) {
|
|
cat(a, "...", sep = "")
|
|
a <- a - 1
|
|
}
|
|
# Gardez à l'esprit que les boucles for et while s'exécutent lentement
|
|
# en R.
|
|
# Des opérations sur la totalité d'un vecteur (ex une ligne entière,
|
|
# une colonne entière),
|
|
# ou les fonctions de type apply() (nous en parlerons plus tard),
|
|
# sont préférées.
|
|
|
|
# IF/ELSE
|
|
# Encore une fois assez standard
|
|
if (4 > 3) {
|
|
print("4 is greater than 3")
|
|
} else {
|
|
print("4 is not greater than 3")
|
|
}
|
|
# =>
|
|
# [1] "4 is greater than 3"
|
|
|
|
# LES FONCTIONS
|
|
# se définissent comme ceci :
|
|
jiggle <- function(x) {
|
|
x = x + rnorm(1, sd=.1) # ajoute un peu de bruit (contrôlé)
|
|
return(x)
|
|
}
|
|
# Appelées comme n'importe quelles autres fonction R :
|
|
jiggle(5) # 5±ε. After set.seed(2716057), jiggle(5)==5.005043
|
|
|
|
|
|
|
|
##########################################################################
|
|
# Les structures de données : les vecteurs, les matrices,
|
|
# les data frames et les tableaux
|
|
##########################################################################
|
|
|
|
# À UNE DIMENSION
|
|
|
|
# Commençons par le tout début, et avec quelque chose que
|
|
# vous connaissez déjà : les vecteurs.
|
|
vec <- c(8, 9, 10, 11)
|
|
vec # 8 9 10 11
|
|
# Nous demandons des éléments spécifiques en les mettant entre crochets
|
|
# (Notez que R commence à compter à partir de 1)
|
|
vec[1] # 8
|
|
letters[18] # "r"
|
|
LETTERS[13] # "M"
|
|
month.name[9] # "September"
|
|
c(6, 8, 7, 5, 3, 0, 9)[3] # 7
|
|
# Nous pouvons également rechercher des indices de composants spécifiques,
|
|
which(vec %% 2 == 0) # 1 3
|
|
# Récupèrer seulement les premières ou dernières entrées du vecteur,
|
|
head(vec, 1) # 8
|
|
tail(vec, 2) # 10 11
|
|
# ou vérifier si un certaine valeur est dans le vecteur
|
|
any(vec == 10) # TRUE
|
|
# Si un index "dépasse" vous obtiendrez NA :
|
|
vec[6] # NA
|
|
# Vous pouvez trouver la longueur de votre vecteur avec length()
|
|
length(vec) # 4
|
|
# Vous pouvez réaliser des opérations sur des vecteurs entiers ou des
|
|
# sous-ensembles de vecteurs
|
|
vec * 4 # 16 20 24 28
|
|
vec[2:3] * 5 # 25 30
|
|
any(vec[2:3] == 8) # FALSE
|
|
# Et R a beaucoup de méthodes statistiques pré-construites pour les vecteurs :
|
|
mean(vec) # 9.5
|
|
var(vec) # 1.666667
|
|
sd(vec) # 1.290994
|
|
max(vec) # 11
|
|
min(vec) # 8
|
|
sum(vec) # 38
|
|
# Quelques fonctions préconstruites sympas supplémentaires :
|
|
5:15 # 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
|
|
seq(from=0, to=31337, by=1337)
|
|
# =>
|
|
# [1] 0 1337 2674 4011 5348 6685 8022 9359 10696 12033 13370 14707
|
|
# [13] 16044 17381 18718 20055 21392 22729 24066 25403 26740 28077 29414 30751
|
|
|
|
# À DEUX DIMENSIONS (TOUT DANS UNE CLASSE)
|
|
|
|
# Vous pouvez créer une matrice à partir d'entrées du même type comme ceci :
|
|
mat <- matrix(nrow = 3, ncol = 2, c(1,2,3,4,5,6))
|
|
mat
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] 1 4
|
|
# [2,] 2 5
|
|
# [3,] 3 6
|
|
# Différemment du vecteur, la classe d'une matrice est "matrix",
|
|
# peut importe ce qu'elle contient
|
|
class(mat) # => "matrix"
|
|
# Récupérer la première ligne
|
|
mat[1,] # 1 4
|
|
# Réaliser une opération sur la première colonne
|
|
3 * mat[,1] # 3 6 9
|
|
# Demander une cellule spécifique
|
|
mat[3,2] # 6
|
|
|
|
# Transposer la matrice entière
|
|
t(mat)
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2] [,3]
|
|
# [1,] 1 2 3
|
|
# [2,] 4 5 6
|
|
|
|
# La multiplication de matrices
|
|
mat %*% t(mat)
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2] [,3]
|
|
# [1,] 17 22 27
|
|
# [2,] 22 29 36
|
|
# [3,] 27 36 45
|
|
|
|
# cbind() colle des vecteurs ensemble en colonne pour faire une matrice
|
|
mat2 <- cbind(1:4, c("dog", "cat", "bird", "dog"))
|
|
mat2
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] "1" "dog"
|
|
# [2,] "2" "cat"
|
|
# [3,] "3" "bird"
|
|
# [4,] "4" "dog"
|
|
class(mat2) # matrix
|
|
# Encore une fois regardez ce qui se passe !
|
|
# Parce que les matrices peuvent contenir des entrées de toutes sortes de
|
|
# classes, tout sera converti en classe caractère
|
|
c(class(mat2[,1]), class(mat2[,2]))
|
|
|
|
# rbind() colle des vecteurs ensemble par lignes pour faire une matrice
|
|
mat3 <- rbind(c(1,2,4,5), c(6,7,0,4))
|
|
mat3
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2] [,3] [,4]
|
|
# [1,] 1 2 4 5
|
|
# [2,] 6 7 0 4
|
|
# Ah, tout de la même classe. Pas de coercitions. Beaucoup mieux.
|
|
|
|
# À DEUX DIMENSIONS (DE CLASSES DIFFÉRENTES)
|
|
|
|
# Pour des colonnes de différents types, utiliser une data frame
|
|
# Cette structure de données est si utile pour la programmation statistique,
|
|
# qu'une version a été ajoutée à Python dans le paquet "pandas".
|
|
|
|
students <- data.frame(c("Cedric","Fred","George","Cho","Draco","Ginny"),
|
|
c(3,2,2,1,0,-1),
|
|
c("H", "G", "G", "R", "S", "G"))
|
|
names(students) <- c("name", "year", "house") # name the columns
|
|
class(students) # "data.frame"
|
|
students
|
|
# =>
|
|
# name year house
|
|
# 1 Cedric 3 H
|
|
# 2 Fred 2 G
|
|
# 3 George 2 G
|
|
# 4 Cho 1 R
|
|
# 5 Draco 0 S
|
|
# 6 Ginny -1 G
|
|
class(students$year) # "numeric"
|
|
class(students[,3]) # "factor"
|
|
# Trouver les dimensions
|
|
nrow(students) # 6
|
|
ncol(students) # 3
|
|
dim(students) # 6 3
|
|
# La fonction data.frame() convertit les vecteurs caractères en vecteurs de
|
|
# facteurs par défaut; désactiver cette fonction en règlant
|
|
# stringsAsFactors = FALSE quand vous créer la data.frame
|
|
?data.frame
|
|
|
|
# Il y a plusieurs façons de subdiviser les data frames,
|
|
# toutes subtilement différentes
|
|
students$year # 3 2 2 1 0 -1
|
|
students[,2] # 3 2 2 1 0 -1
|
|
students[,"year"] # 3 2 2 1 0 -1
|
|
|
|
# Une version améliorée de la structure data.frame est data.table.
|
|
# Si vous travaillez avec des données volumineuses ou des panels, ou avez
|
|
# besoin de fusionner quelques ensembles de données, data.table peut être
|
|
# un bon choix. Ici un tour éclair :
|
|
install.packages("data.table") # télécharge le paquet depuis CRAN
|
|
require(data.table) # le charge
|
|
students <- as.data.table(students)
|
|
students # regardez la différence à l'impression
|
|
# =>
|
|
# name year house
|
|
# 1: Cedric 3 H
|
|
# 2: Fred 2 G
|
|
# 3: George 2 G
|
|
# 4: Cho 1 R
|
|
# 5: Draco 0 S
|
|
# 6: Ginny -1 G
|
|
students[name=="Ginny"] # obtiens les lignes avec name == "Ginny"
|
|
# =>
|
|
# name year house
|
|
# 1: Ginny -1 G
|
|
students[year==2] # obtiens les lignes avec year == 2
|
|
# =>
|
|
# name year house
|
|
# 1: Fred 2 G
|
|
# 2: George 2 G
|
|
# data.table facilite la fusion entre deux ensembles de données
|
|
# Faisons une autre data.table pour fusionner students
|
|
founders <- data.table(house=c("G","H","R","S"),
|
|
founder=c("Godric","Helga","Rowena","Salazar"))
|
|
founders
|
|
# =>
|
|
# house founder
|
|
# 1: G Godric
|
|
# 2: H Helga
|
|
# 3: R Rowena
|
|
# 4: S Salazar
|
|
setkey(students, house)
|
|
setkey(founders, house)
|
|
students <- founders[students] # merge les deux ensembles de données qui matchent "house"
|
|
setnames(students, c("house","houseFounderName","studentName","year"))
|
|
students[,order(c("name","year","house","houseFounderName")), with=F]
|
|
# =>
|
|
# studentName year house houseFounderName
|
|
# 1: Fred 2 G Godric
|
|
# 2: George 2 G Godric
|
|
# 3: Ginny -1 G Godric
|
|
# 4: Cedric 3 H Helga
|
|
# 5: Cho 1 R Rowena
|
|
# 6: Draco 0 S Salazar
|
|
|
|
# data.table facilite le résumé des tableaux
|
|
students[,sum(year),by=house]
|
|
# =>
|
|
# house V1
|
|
# 1: G 3
|
|
# 2: H 3
|
|
# 3: R 1
|
|
# 4: S 0
|
|
|
|
# Pour supprimer une colonne d'une data.frame ou data.table,
|
|
# assignez-lui la valeur NULL
|
|
students$houseFounderName <- NULL
|
|
students
|
|
# =>
|
|
# studentName year house
|
|
# 1: Fred 2 G
|
|
# 2: George 2 G
|
|
# 3: Ginny -1 G
|
|
# 4: Cedric 3 H
|
|
# 5: Cho 1 R
|
|
# 6: Draco 0 S
|
|
|
|
# Supprimer une ligne en subdivisant
|
|
# En utilisant data.table :
|
|
students[studentName != "Draco"]
|
|
# =>
|
|
# house studentName year
|
|
# 1: G Fred 2
|
|
# 2: G George 2
|
|
# 3: G Ginny -1
|
|
# 4: H Cedric 3
|
|
# 5: R Cho 1
|
|
# En utilisant data.frame :
|
|
students <- as.data.frame(students)
|
|
students[students$house != "G",]
|
|
# =>
|
|
# house houseFounderName studentName year
|
|
# 4 H Helga Cedric 3
|
|
# 5 R Rowena Cho 1
|
|
# 6 S Salazar Draco 0
|
|
|
|
# MULTI-DIMENSIONNELLE (TOUS ÉLÉMENTS D'UN TYPE)
|
|
|
|
# Les arrays créent des tableaux de n dimensions.
|
|
# Tous les éléments doivent être du même type.
|
|
# Vous pouvez faire un tableau à 2 dimensions (une sorte de matrice)
|
|
array(c(c(1,2,4,5),c(8,9,3,6)), dim=c(2,4))
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2] [,3] [,4]
|
|
# [1,] 1 4 8 3
|
|
# [2,] 2 5 9 6
|
|
# Vous pouvez aussi utiliser array pour faire des matrices à 3 dimensions :
|
|
array(c(c(c(2,300,4),c(8,9,0)),c(c(5,60,0),c(66,7,847))), dim=c(3,2,2))
|
|
# =>
|
|
# , , 1
|
|
#
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] 2 8
|
|
# [2,] 300 9
|
|
# [3,] 4 0
|
|
#
|
|
# , , 2
|
|
#
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] 5 66
|
|
# [2,] 60 7
|
|
# [3,] 0 847
|
|
|
|
# LES LISTES (MULTI-DIMENSIONNELLES, ÉVENTUELLEMMENT DÉCHIRÉES,
|
|
# DE DIFFÉRENTS TYPES)
|
|
|
|
# Enfin, R a des listes (de vecteurs)
|
|
list1 <- list(time = 1:40)
|
|
list1$price = c(rnorm(40,.5*list1$time,4)) # random
|
|
list1
|
|
# Vous pouvez obtenir des éléments de la liste comme ceci
|
|
list1$time # une façon
|
|
list1[["time"]] # une autre façon
|
|
list1[[1]] # encore une façon différente
|
|
# =>
|
|
# [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33
|
|
# [34] 34 35 36 37 38 39 40
|
|
# Vous pouvez subdiviser les éléments d'une liste comme n'importe quel vecteur
|
|
list1$price[4]
|
|
|
|
# Les listes ne sont pas les structures de données les plus efficaces
|
|
# à utiliser avec R ;
|
|
# À moins d'avoir une très bonne raison, vous devriez utiliser data.frames
|
|
# Les listes sont souvent retournées par des fonctions qui effectuent
|
|
# des régressions linéaires.
|
|
|
|
##########################################
|
|
# La famille de fonction apply()
|
|
##########################################
|
|
|
|
# Vous vous rappelez mat ?
|
|
mat
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] 1 4
|
|
# [2,] 2 5
|
|
# [3,] 3 6
|
|
# Utilisez apply(X, MARGIN, FUN) pour appliquer la fonction FUN à la matrice X
|
|
# sur les lignes (MAR = 1) ou les colonnes (MAR = 2)
|
|
# R exécute FUN à chaque lignes (ou colonnes) de X, beaucoup plus rapidement
|
|
# que le ferait une boucle for ou while
|
|
apply(mat, MAR = 2, jiggle)
|
|
# =>
|
|
# [,1] [,2]
|
|
# [1,] 3 15
|
|
# [2,] 7 19
|
|
# [3,] 11 23
|
|
# D'autres fonctions : ?lapply, ?sapply
|
|
|
|
# Ne soyez pas trop intimidé ; tout le monde reconnaît que c'est un peu déroutant
|
|
|
|
# Le paquet plyr vise à remplacer (et améliorer !) la famille *apply().
|
|
install.packages("plyr")
|
|
require(plyr)
|
|
?plyr
|
|
|
|
|
|
|
|
############################
|
|
# Charger des données
|
|
############################
|
|
|
|
# "pets.csv" est un fichier sur internet
|
|
# (mais il pourrait être tout aussi facilement sur votre ordinateur)
|
|
pets <- read.csv("http://learnxinyminutes.com/docs/pets.csv")
|
|
pets
|
|
head(pets, 2) # first two rows
|
|
tail(pets, 1) # last row
|
|
|
|
# Pour sauvegarder une data frame ou une matrice en fichier .csv
|
|
write.csv(pets, "pets2.csv") # to make a new .csv file
|
|
# définir le répertoire de travail avec setwd(), le récupérer avec getwd()
|
|
|
|
# Essayez ?read.csv et ?write.csv pour plus d'informations
|
|
|
|
|
|
|
|
################
|
|
# Les tracés
|
|
################
|
|
|
|
# LES FONCTIONS DE TRACÉ PRÉCONSTRUITES
|
|
# Les diagrammes de dispersion !
|
|
plot(list1$time, list1$price, main = "fake data")
|
|
# Les régressions !
|
|
linearModel <- lm(price ~ time, data = list1)
|
|
linearModel # sort le résultat de la régression
|
|
# Tracer une ligne de regression sur une tracé existant
|
|
abline(linearModel, col = "red")
|
|
# Obtenir une variété de diagnostiques sympas
|
|
plot(linearModel)
|
|
# Les histogrammes !
|
|
hist(rpois(n = 10000, lambda = 5), col = "thistle")
|
|
# Les diagrammes en bâtons !
|
|
barplot(c(1,4,5,1,2), names.arg = c("red","blue","purple","green","yellow"))
|
|
|
|
# GGPLOT2
|
|
# Mais ceux-ci ne sont même pas les plus jolis tracés de R
|
|
# Essayez le paquet ggplot2 pour d'avantages de graphiques
|
|
install.packages("ggplot2")
|
|
require(ggplot2)
|
|
?ggplot2
|
|
pp <- ggplot(students, aes(x=house))
|
|
pp + geom_histogram()
|
|
ll <- as.data.table(list1)
|
|
pp <- ggplot(ll, aes(x=time,price))
|
|
pp + geom_point()
|
|
# ggplot2 a une documentation excellente
|
|
#(disponible sur http://docs.ggplot2.org/current/)
|
|
|
|
|
|
|
|
```
|
|
|
|
## Comment obtenir R ?
|
|
|
|
* Obtiens R et R GUI depuis [http://www.r-project.org/](http://www.r-project.org/)
|
|
* [RStudio](http://www.rstudio.com/ide/) est un autre GUI
|